Der Neubau des Museums für bayrische Geschichte begreift sich als eigenständiges Volumen in der Stadtlandschaft. Das Ensemble des Museums entwickelt sich aus der mittelalterlichen Körnung der Regensburger Altstadt und orientiert sich zum Donauufer hin. Die Proportionen des Museumshauptvolumens orientieren sich an den bestehenden Baukörpern entlang des Flussufers, auch die Zuwegung in die Altstadt über die eiserne Brücke akzentuiert mit einem Hochpunkt den Brückenkopf.

Der Baukörper der Bavariothek arbeitet mit unterschiedlichen Transparenzen, im Erdgeschoss entsteht durch das Anheben eine Fuge. Das dahinterliegende Foyer ermöglicht Blickbeziehungen zwischen Altstadt und Donau sowie den zwei Plätzen und tritt so wirksam in den öffentlichen Raum. Die innere Nutzungsverteilung der Gebäude um den Museumsplatz erfolgt hierarchisch. Die Solitärbaukörper nehmen die museale Hauptnutzung auf, die reparierte Blockrandstruktur die Servicenutzungen und die den Platz bespielende Gastronomie. Erschlossen wird die Bavariothek über ein Zwillingsfoyer, von dem die Besucher*innen in zwei verschiedene Rundgänge geleitet werden. Die Dauerausstellung in den Obergeschossen, das Schaufenster mit enger Verbindung zum Foyer sowie die Wechselausstellung im Untergeschoss sind visuell über Abtreppungen und Lufträume miteinander verbunden. Den Abschluss des Rundganges bildet die Panoramaterrasse im Kopfbau, welche den Blick über Altstadt und Donau freigibt.